Okulumuz 1913 yılında  Sultani olarak eğitim öğretim hizmeti vermeye başlamıştır. 1914 yılında I.  Dünya Savası’nın çıkmasıyla birlikte bir müddet askeri hastane olarak kullanılmış,  savasın sona ermesinden sonra da savaş nedeniyle yetim kalan şehit çocuklarının  barındırıldığı Yetimler Yurdu olarak hizmetini sürdürmüştür. Yetimler Yurdu’nun  Amasya’ya naklinden sonra bina (Günümüzde Atatürk Anadolu Lisesi) 1926-1927  ders yılında alt katı Ticaret Mektebi, üst katı ise Orta Okul olarak yeniden  eğitime açılmıştır.

              Eğitimde gerçekleştirilen yeni yapılandırma  ile 1927-1928 ders yılında yatılı ve Pansiyonlu Samsun Lisesi haline  dönüştürülen okulumuz, bugünlere kadar gelecek olan Samsun’un en önemli lisesi  olma geleneğini de başlatmıştır. 

              24 Eylül 1924 ve 26 Kasım  1930 yıllarında iki kez ulu önder Mustafa Kemal ATATÜRK tarafından ziyaret edilmiştir.  Ulu önder bu ziyaretleri sırasında okulumuzdaki bir tarih dersine katılarak  öğrencilerle sohbet etmiş ve tarih dersi vermiştir. Atatürk bu ziyaretlerinde  okulumuzun öğretmenlerinin yanında Samsun’da görev yapan öğretmenlerin de  katıldığı bir sohbet toplantısı düzenlemiş, bugün herkesçe bilinen “Öğretmenler  Cumhuriyeti biz kurduk, O’nu yükseltecek ve yaşatacak olan Sizlersiniz.  Cumhuriyet sizden fikri hür, vicdanı hür, irfanı hür yüksek seciyeli nesiller  ister. Hayatta en Hakiki mürşit ilimdir, fendir.” Özdeyişini bu toplantıda dile  getirmiştir.

              Lise adını aldıktan sonraki  ilk müdürü Eşref Bey olmuştur. 1 Eylül 1930’da Mustafa Mümtaz (Karakullukçu  oğlu) Bey müdürlük görevine getirilmiştir. Sonrasında Adil (Bektaşoğlu) Bey müdürlük  yapmıştır. Adil Bey’den sonra sırasıyla Hamdi Kayalı, Rauf Bayender ve Ömer  Sıtkı Erdi müdürlük hizmetini sürdürmüşlerdir. 1938 yılında Okul müdürü Ömer  Beygo’dur. 1939-1944 yılları arasında Ziya Karamuk’u müdür olarak görürüz. Daha  sonra sırasıyla; 1944-1947 Ruhi Turfan, 1948-1949 Zeki Sezin, 1949-1950 Reşat  Postacıoğlu, 1950-1954 Ziver Tezeren, 1954-1959 Adnan Dinçer, 1959-1961  H.Mehmet Hacıbaloğlu, 1963-1965 Yusuf Özkılıç, 1965-1970 Kenan Burkut,  1970-1980 Beşir Sağlam, 1980 Özden Özdemir, 1980-2001 Rasim Akın, 2001- 2010  Ahmet Yağ okulumuza müdür olarak hizmet vermiştir.  2010-2011 öğretim döneminde ise okulumuz  mezunu İsmail Aydemir müdürlük görevine getirilmiştir.

              04.02.1952 tarihinde alınan bir kararla Samsun Lisesi´nin adı  Ondokuzmayıs Lisesi olarak değiştirilmiştir.1965–1966 öğretim yılında ise  bugünkü Atatürk Anadolu Lisesi binasından binamıza taşınarak öğrenime burada  devam edilmiştir. Bu tarihten sonra sadece Samsun´un değil Orta  Karadeniz Bölgesinin de en gözde eğitim-öğretim kurumu olarak çalışmalarını  sürdüren okulumuz 1995-1996 ders yılında “müfredat laboratuar  okulu” kapsamına alınmıştır. 1997-1998 yılından itibaren YDA (Yabancı Dil  Ağırlıklı) ve genel lise olmak üzere iki ayrı eğitime geçmiştir. 1995-1996 ders  yılından itibaren, öğrenci sayısı MLO standartlarına uygun olarak giderek  azaltılan okulumuz 2010-2011 eğitim öğretim yılında “Anadolu Lisesi” olmuştur.

              Ondokuzmayıs Lisesi; 200 kişilik  kafeterya, 300 kişilik çay bahçesi, 120 kişilik toplantı salonu, 350 kişilik konferans salonu,  100 kişilik kütüphane ve bir kapalı spor salonuna sahiptir. Ayrıca; açık spor  alanı, Internet odası, teknolojik eğitime elverişli öğretmen odası, Milli  Eğitimimizin tarihçesini yansıtan “Cumhuriyet Müzesi” ve iki sınıftan oluşan anaokulu  ile Samsun’un en köklü ve en tanınmış lisesi olarak eğitim öğretim hizmeti  vermeye devam etmektedir.

              Okulumuz, tarihi misyonundan aldığı başarılı eğitim  öğretim hizmetleri sunma çalışmalarıyla ülkemizin çağdaşlaşma ve kalkınma  çabalarına önemli katkılar sağlayan şahsiyetlerin yetiştirilmesini sağlamıştır. Bu şahsiyetlerden bazıları şunlardır:                

• Anayasa  Mahkemesi eski başkanı Yekta Güngör Özden                

• Maliye  ve Devlet eski bakanı Merhum Adnan Kahveci                

• Başbakan  eski yardımcısı, Müsteşar Murat Karayalçın                

• Orman  eski bakanı Hüseyin Özalp                 

• Devlet  eski bakan Doğan Kitaplı              

• Samsun  eski valisi Merhum Erdoğan Cebeci                

• TÜBİTAK  başkanı Namık Kemal Pak                

• Samsun  Büyükşehir Bld. Bşk. Yusuf Ziya Yılmaz                

• Eski  Gazi Belediye Bşk Süleyman KALDIRIM                

• İlkadım  Bld. Bşk. Necattin DEMİRTAŞ              

• Atakum  Bld. Bşk. Metin Burma                

• Milli  futbolcu Tanju Çolak                

•  Milli  futbolcu Dobi Hasan